根据病毒基因组及基链性，植物病毒分为五大类群 SsDNA病毒群： Geminiviridae双生病毒科：双联体 (Mastrevirus玉米线条病毒属 Curtovirus甜菜曲顶病毒属 Topovirus番茄伪曲顶病毒属 ,Begomovirus菜豆金色花叶病毒属 Nanavirus矮缩病毒属：球状 Banana bursh top Virus香蕉束顶病毒
I ssDNA病毒群： Geminiviridae双生病毒科：双联体 Mastrevirus 玉米线条病毒属 Curtovirus 甜菜曲顶病毒属 Topovirus 番茄伪曲顶病毒属 Begomovirus 菜豆金色花叶病毒属 Nanavirus 矮缩病毒属: 球状 Banana bursh top Virus 香蕉束顶病毒 根据病毒基因组及基链性，植物病毒分为五大类群
I dsDNA病毒群： Caulimoviridae花椰菜花叶病毒科 Caulimovirus花椰菜花叶病毒属：球状CaMV Badnavirus杆状DNA病毒属：杆状
II dsDNA病毒群： Caulimoviridae 花椰菜花叶病毒科 Caulimovirus 花椰菜花叶病毒属：球状 CaMV Badnavirus杆状DNA病毒属：杆状
IIⅡdsRNA病毒群 Reoviridae呼肠孤病毒科：球状，单分体 phytoreouvirus:植物呼肠病毒属wound tomar virus Fijivirus:菲济病毒属Sugarcane fiji virus Oryzavirus水初病毒属： Partitiviridae分割病毒科：球状或杆状，多分体 Alphacryptovirus:a潜隐病毒属 Betacryptovirus:b潜隐病毒属
III dsRNA病毒群 Reoviridae 呼肠孤病毒科：球状，单分体 phytoreouvirus: 植物呼肠病毒属 wound tomar virus Fijivirus: 菲济病毒属 Sugarcane fiji virus Oryzavirus水初病毒属: Partitiviridae 分割病毒科 ：球状或杆状，多分体 Alphacryptovirus：a 潜隐病毒属 Betacryptovirus: b潜隐病毒属
V-SsRNA病毒群： Rhabdoviridae弹状病毒科：弹状 Cytorhabdovirus:胞质弹状病毒属， letuce Necrosis yellow virus Nucleorhabdovirus::胞核弹状病毒属 Patato yellow dawarf virus Bunyaviridae布尼亚病毒科 Tospovirus番茄斑萎病毒属：球状 tomato spot wilt virus Tenuivirus:纤细病毒属：线状 Rice stripe virus水稻条纹病毒
Ⅳ -ssRNA病毒群： Rhabdoviridae 弹状病毒科：弹状 Cytorhabdovirus: 胞质弹状病毒属, letuce Necrosis yellow virus Nucleorhabdovirus: 胞核弹状病毒属 Patato yellow dawarf virus Bunyaviridae 布尼亚病毒科 Tospovirus 番茄斑萎病毒属：球状 tomato spot wilt virus Tenuivirus: 纤细病毒属：线状 Rice stripe virus 水稻条纹病毒
V+SsRNA病毒群 Sequiviridae伴生病毒科（球状单分体) Tombusviridae番茄丛矮病毒科（球状，单分体） Dianthovirus香石竹环斑病毒属 Luteovins黄症病毒属 Bromoviridae雀麦花叶病毒科（球状，多分体) Cucumovirus黄瓜花叶病毒属 Bromovirus雀麦花叶病毒属 Alfamovirus苜蓿花叶病毒属 Comoviridae豇豆花叶病毒科（杆状，单分体或多分体） Tobamovirus烟草花叶病毒属（单分体) Tobravirus烟草脆裂病毒属（三分体) Potyviridae马铃薯Y病毒科（线状，单分体） Potyvirus马铃薯Y病毒属 Closteroviridae长线形病毒科（线状，单分体）
Ⅴ +ssRNA 病毒群 Sequiviridae 伴生病毒科（球状单分体） Tombusviridae 番茄丛矮病毒科（球状，单分体） Dianthovirus 香石竹环斑病毒属 Luteovins 黄症病毒属 Bromoviridae 雀麦花叶病毒科（球状，多分体） Cucumovirus 黄瓜花叶病毒属 Bromovirus 雀麦花叶病毒属 Alfamovirus 苜蓿花叶病毒属 Comoviridae 豇豆花叶病毒科 （杆状，单分体或多分体） Tobamovirus 烟草花叶病毒属（单分体） Tobravirus 烟草脆裂病毒属（三分体） Potyviridae 马铃薯Y病毒科（线状，单分体） Potyvirus 马铃薯Y病毒属 Closteroviridae 长线形病毒科（线状，单分体）